Kompleksni razlozi iza progona se mogu podijeliti u 4 elementa: strah paranoičnog diktatora od brzog rasta i sve veće popularnosti Falun Gonga; ljubomora istog diktatora naspram popularnosti prakse, inherentni konflikt između divlje političke ideologije režima i njene potpune suprotnosti --- principa Istinitosti, Dobrodušnosti i Tolerancije; sama priroda komunizma koji, da bi se održao, traži periodično imenovanje malog dijela populacije kao „neprijatelja“ protiv koga se treba „boriti“.
Tri godine prije službenog pokretanja progona u julu 1999., praktikanti su bili pod sve intenzivnijom vladinom opresijom. Falun Gong knjige su bile pod zabranom štampanja već od 1996., a u državnim novinama se pojavio i prvi članak koji kritizira Falun Gong. Već 1998. i 1999. su ometali grupno vježbanje u parkovima. Pojačani su propagandni napadi protiv Falun Gonga u državnim medijima. Nakon serije događaja u aprilu 1999. u kojima je policija nepravedno uhapsila i tukla praktikante u gradu Tianjin, skoro 10 hiljada Falun Gong praktikanata se 25. aprila okupilo u Pekingu u mirnom apelu Državnom birou za žalbe. Tražili su otpuštanje uhapšenih praktikanata, ponovno razmatranje pitanja o zabrani štampanja Falun Gong knjiga kao i prekid vladinog uznemiravanja praktikanata. Iako je okupljanje bilo iznimno miroljubivo, a tadašnji premijer Zhu Rongji koji se sastao s praktikantima prihvatio ispuniti njihove zahtjeve, službena opresija se ubrzala nakon tog događaja. Predsjednik Jiang Zemin je 10. juna 1999. utemeljio Ured 6-10, državnu policijsku agenciju s posebnim autoritetom nad svim lokalnim upravnim tijelima, vladama i sudovima, koja je bila vodič progona Falun Gonga. Policija je 20. jula 1999. provela masovna hapšenja koordinatora mjesta za vježbanje Falun Gonga. Sveobuhvatan medijski napad protiv Falun Gonga je lansiran 22. jula i praksa je službeno postala zabranjena. Od tada progon nije ništa slabiji, bez obzira na činjenicu da ne postoji nikakav zakon na kojem je zabrana utemeljena niti koji dopušta progon.
